Flimmerhärchen jedoch stören. Stoffe im Tabakrauch etwa beeinträchtigen die Zilien erst erheblich, auf Dauer schädigen sie auch die Struktur. Darüber hinaus werden die Schleimhäute mit zunehmendem Alter trockener und die Schlagfrequenz der Flimmerhärchen nimmt ab.
Auch Medikamente können die Flimmerhärchen unter Umständen beeinträchtigen. So ist etwa über das Konservierungsmittel Benzalkoniumchlorid bekannt, dass es die Zilien bei längerer Anwendung erlahmen lässt. Benzalkoniumchlorid ist Bestandteil vieler abschwellender oder auch kortisonhaltiger Nasensprays.
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